Partenaires :
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Partenaires :
Responsable de la plate-forme : Martin Figeac, martin.figeac@inserm.fr
Personnel :
Meyling Cheok, Christophe Roumier, Olivier Nibourel, Sabine Quief, Céline Villenet, Sandrine Geffroy, Pauline Peyrouze, Julien Soula, Christophe Demay et Frédéric Leprêtre.
Présentation de la plate-forme :
Localisée à l'IRCL, la plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale est une structure dédiée à l'analyse génomique. C’est un service commun de l'université Lille 2, IMPRT IFR-114, ouvert à la communauté scientifique publique (Universités, CHRU, INSERM, CNRS) ou privée, pour des projets à moyen/haut débit. Notre plate-forme est d’autre part labellisée IBiSA (Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie) au travers du réseau LIGAN (Lille Integrated Genomics Advanced Network).
Ce service commun se compose de quatre plateaux complémentaires correspondant aux différentes approches génomiques. Les analyses génomiques ont pour but de détecter et de quantifier sur des biopuces ou par séquençage haut débit la présence de nombreuses séquences d'ADN ou d'ARN et leurs variations, à l'échelle d'un génome ou dans une région ciblée. Le premier plateau technologique utilise le séquençage haut débit d'Applied Biosystems (SOLiD4) et de LifeTechnologies (PGM Ion-Torrent), dit de nouvelle génération, pour proposer une approche génomique de séquençage avec une couverture et une précision inégalée. Les deux plateaux suivant correspondent aux technologies de micro-arrays les plus utilisées dans le monde : les technologies Agilent et Affymetrix. Finalement, le quatrième plateau, transversal, permet l'analyse biostatistique et bioinformatique des données générées.
Les projets suivis par la plate-forme concernent en majorité les pathologies humaines: tous types de cancer (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic, pronostic et réponse aux traitements des leucémies et tumeurs solides) et les pathologies constitutionnelles (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic et prédisposition pour le retard mental, l'autisme, Parkinson, anomalies des membres, alzheimer...).
Prestations proposées :
Le personnel technique de la plate-forme a pour mission de s’assurer du bon fonctionnement des équipements et d’organiser l’activité de la plate-forme sur les trois premiers plateaux.
Plateau Séquençage Haut Débit (NGS) :
• RNA-seq (séquençage du transcriptome complet) : analyses qualitatives (SNP, jonctions exons-exons, fusions de gènes, nouveaux transcrits) et analyses quantitative (analyse de l’expression génique).
• Target-seq (all exome et reséquençage ciblé) : analyse qualitative de régions d'ADN génomique (SNP, indel, inversion) et analyses quantitative (nombre de copies, estimation du pourcentage de clones porteurs de mutations au sein d’un même échantillon).
• ChIP-seq : étude de l'immunoprécipitation de la chromatine.
• Méthyl-seq : étude de la méthylation de l'ADN génomique.
Plateau micro-array Agilent :
• CGH array haute résolution : identification de variation du nombre de copies chromosomiques.
• Gene Expression Profiling : analyse quantitative du transcriptome, des miRNA...
• ChIP on chip : analyse fonctionnelle de promoteurs, du méthylome...
Plateau micro-array Affymetrix :
• SNP6 : génotypage pangénomique de SNP, pertes d'hétérozygotie, de variation du nombre de copies chromosomiques.
• Gene Expression Profiling : analyse quantitative du transcriptome.
Plateau bioinformatique
Notre équipe est spécialisée dans le conseil pour la mise en place de projets de génomiques et l’accompagnement de nos partenaires au cours de ces projets :
• Analyse des données de séquençage sur cluster de calcul de 80 processeurs.
• Développement à façon de méthodes d'analyse.
• Analyse des CNVs (Copy Number Variation) avec logiciels commerciaux (DNA Analytics, Partek, GCOS) et logiciels développés par la plate-forme (WACA, clustering, classification supervisée).
• Analyse de l'expression sur logiciels commerciaux (GeneSpring, GeneMath, Bioscope) et logiciels developpés par la communauté (Tophat, Cufflinks).
• Analyse fonctionnelle sur logiciels commerciaux (Ingenuity Pathway Analysis, GeneSpring).
• Analyses à façon (design expérimental, design custom de capture SureSelect pour séquençage, design de primers, bases de données, publication des données sur GEO…).
Bibliographie de la plate-forme depuis 2007 :
Colonic gene expression patterns of mucin Muc2 knockout mice reveal various phases in colitis development. Lu P, Burger-van Paassen N, van der Sluis M, Witte-Bouma J, Kerckaert JP, van Goudoever JB, Van Seuningen I, Renes IB. Inflamm Bowel Dis. 2011 Oct;17(10):2047-57.
Thrombocytopenia-absent radius (TAR) syndrome: a clinical genetic series of 14 further cases. impact of the associated 1q21.1 deletion on the genetic counselling. Houeijeh A, Andrieux J, Saugier-Veber P, David A, Goldenberg A, Bonneau D, Fouassier M, Journel H, Martinovic J, Escande F, Devisme L, Bisiaux S, Chaffiotte C, Baux M, Kerckaert JP, Holder-Espinasse M, Manouvrier-Hanu S. Eur J Med Genet. 2011 Sep-Oct;54(5):e471-7.
Molecular characterization of 9p21 deletions shows a minimal common deleted region removing CDKN2A exon 1 and CDKN2B exon 2 in diffuse large B-cell lymphomas. Guney S, Bertrand P, Jardin F, Ruminy P, Kerckaert JP, Tilly H, Bastard C. Genes Chromosomes Cancer. 2011 Sep;50(9):715-25.
Beneficial effects of exercise in a transgenic mouse model of Alzheimer's disease-like Tau pathology. Belarbi K, Burnouf S, Fernandez-Gomez FJ, Laurent C, Lestavel S, Figeac M, Sultan A, Troquier L, Leboucher A, Caillierez R, Grosjean ME, Demeyer D, Obriot H, Brion I, Barbot B, Galas MC, Staels B, Humez S, Sergeant N, Schraen-Maschke S, Muhr-Tailleux A, Hamdane M, Buée L, Blum D. Neurobiol Dis. 2011 Aug;43(2):486-94
Repression of the RHOH gene by JunD. Delestré L, Berthon C, Quesnel B, Figeac M, Kerckaert JP, Galiègue-Zouitina S, Shelley CS. Biochem J. 2011 Jul 1;437(1):75-88.
SNCA locus duplication carriers: from genetics to Parkinson disease phenotypes. Mutez E, Leprêtre F, Le Rhun E, Larvor L, Duflot A, Mouroux V, Kerckaert JP, Figeac M, Dujardin K, Destée A, Chartier-Harlin MC. Hum Mutat. 2011 Apr;32(4):E2079-90. doi: 10.1002/humu.21459.
Genomic characterization of Imatinib resistance in CD34(+) cell populations from chronic myeloid leukaemia patients.
Joha S, Dauphin V, Leprêtre F, Corm S, Nicolini FE, Roumier C, Nibourel O, Grardel N, Maguer-Satta V, Idziorek T, Figeac M, Laï JL, Quesnel B, Etienne G, Guilhot F, Lippert E, Preudhomme C, Roche-Lestienne C.
Leuk Res. 2010 Aug 2.
Incidence and prognostic value of TET2 alterations in de novo acute myeloid leukemia achieving complete remission.
Nibourel O, Kosmider O, Cheok M, Boissel N, Renneville A, Philippe N, Dombret H, Dreyfus F, Quesnel B, Geffroy S, Quentin S, Roche-Lestienne C, Cayuela JM, Roumier C, Fenaux P, Vainchenker W, Bernard OA, Soulier J, Fontenay M, Preudhomme C.
Blood. 2010 Aug 19;116(7):1132-5.
Autocrine induction of invasive and metastatic phenotypes by the MIF-CXCR4 axis in drug-resistant human colon cancer cells.
Dessein AF, Stechly L, Jonckheere N, Dumont P, Monté D, Leteurtre E, Truant S, Pruvot FR, Figeac M, Hebbar M, Lecellier CH, Lesuffleur T, Dessein R, Grard G, Dejonghe MJ, de Launoit Y, Furuichi Y, Prévost G, Porchet N, Gespach C, Huet G.
Cancer Res. 2010 Jun 1;70(11):4644-54.
1q12 chromosome translocations form aberrant heterochromatic foci associated with changes in nuclear architecture and gene expression in B cell lymphoma.
Fournier A, McLeer-Florin A, Lefebvre C, Duley S, Barki L, Ribeyron J, Alboukadel K, Hamaidia S, Granjon A, Gressin R, Lajmanovich A, Bonnefoix T, Chauvelier S, Debernardi A, Rousseaux S, de Fraipont F, Figeac M, Kerckaert JP, De Vos J, Usson Y, Delaval K, Grichine A, Vourc'h C, Khochbin S, Feil R, Leroux D, Callanan MB.
EMBO Mol Med. 2010 May;2(5):159-71.
A subtype of childhood acute lymphoblastic leukaemia with poor treatment outcome: a genome-wide classification study.
Den Boer ML, van Slegtenhorst M, De Menezes RX, Cheok MH, Buijs-Gladdines JG, Peters ST, Van Zutven LJ, Beverloo HB, Van der Spek PJ, Escherich G, Horstmann MA, Janka-Schaub GE, Kamps WA, Evans WE, Pieters R.
Lancet Oncol. 2009 Feb;10(2):125-34.
Transcriptional profile of Parkinson blood mononuclear cells with LRRK2 mutation.
Mutez E, Larvor L, Leprêtre F, Mouroux V, Hamalek D, Kerckaert JP, Pérez-Tur J, Waucquier N, Vanbesien-Mailliot C, Duflot A, Devos D, Defebvre L, Kreisler A, Frigard B, Destée A, Chartier-Harlin MC.
Neurobiol Aging. 2010 Jan 21.
Waved aCGH: to smooth or not to smooth.
Leprêtre F, Villenet C, Quief S, Nibourel O, Jacquemin C, Troussard X, Jardin F, Gibson F, Kerckaert JP, Roumier C, Figeac M.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan 13.
MEF2C haploinsufficiency caused by either microdeletion of the 5q14.3 region or mutation is responsible for severe mental retardation with stereotypic movements, epilepsy and/or cerebral malformations.
Le Meur N, Holder-Espinasse M, Jaillard S, Goldenberg A, Joriot S, Amati-Bonneau P, Guichet A, Barth M, Charollais A, Journel H, Auvin S, Boucher C, Kerckaert JP, David V, Manouvrier-Hanu S, Saugier-Veber P, Frébourg T, Dubourg C, Andrieux J, Bonneau D.
J Med Genet. 2010 Jan;47(1):22-9.
Asymmetric Distribution of Epidermal Growth Factor Receptor Directs the Fate of Normal and Cancer Keratinocytes in vitro.
Le Roy H, Zuliani T, Wolowczuk I, Faivre N, Jouy N, Masselot B, Kerckaert JP, Formstecher P, Polakowska RR.
Stem Cells Dev. 2009 Oct 2.
Evidence for various 20q status using allelotyping, CGH arrays, and quantitative PCR in distal CIN colon cancers.
Nicolet C, Guérin E, Neuville A, Kerckaert JP, Wicker N, Bergmann E, Brigand C, Kedinger M, Gaub MP, Guenot D.
Cancer Lett. 2009 Sep 18;282(2):195-204.
Recurrent genomic aberrations combined with deletions of various tumour suppressor genes may deregulate the G1/S transition in CD4+CD56+ haematodermic neoplasms and contribute to the aggressiveness of the disease.
Jardin F, Callanan M, Penther D, Ruminy P, Troussard X, Kerckaert JP, Figeac M, Parmentier F, Rainville V, Vaida I, Bertrand P, Duval AB, Picquenot JM, Chaperot L, Marolleau JP, Plumas J, Tilly H, Bastard C.
Leukemia. 2009 Apr;23(4):698-707. Epub 2009 Jan 22. Erratum in: Leukemia. 2009 Apr;23(4):825-6.
Cryptic and partial deletions of PRDM16 and RUNX1 without t(1;21)(p36;q22) and/or RUNX1-PRDM16 fusion in a case of progressive chronic myeloid leukemia: a complex chromosomal rearrangement of underestimated frequency in disease progression?
Deluche L, Joha S, Corm S, Daudignon A, Geffroy S, Quief S, Villenet C, Kerckaert JP, Laï JL, Preudhomme C, Roche-Lestienne C.
Genes Chromosomes Cancer. 2008 Dec;47(12):1110-7.
Autocrine induction of invasion and metastasis by tumor-associated trypsin inhibitor in human colon cancer cells.
Gouyer V, Fontaine D, Dumont P, de Wever O, Fontayne-Devaud H, Leteurtre E, Truant S, Delacour D, Drobecq H, Kerckaert JP, de Launoit Y, Bracke M, Gespach C, Desseyn JL, Huet G.
Oncogene. 2008 Jul 3;27(29):4024-33.
Characterization by array-CGH of an interstitial de novo tandem 6p21.2p22.1 duplication in a boy with epilepsy and developmental delay.
Andrieux J, Richebourg S, Duban-Bedu B, Petit F, Leprêtre F, Sukno S, Dehouck MB, Delobel B.
Eur J Med Genet. 2008 Jul-Aug;51(4):373-81.
Deletion 18q21.2q21.32 involving TCF4 in a boy diagnosed by CGH-array.
Andrieux J, Lepretre F, Cuisset JM, Goldenberg A, Delobel B, Manouvrier-Hanu S, Holder-Espinasse M.
Eur J Med Genet. 2008 Mar-Apr;51(2):172-7.
Detection of somatic quantitative genetic alterations by multiplex polymerase chain reaction for the prediction of outcome in diffuse large B-cell lymphomas.
Jardin F, Ruminy P, Kerckaert JP, Parmentier F, Picquenot JM, Quief S, Villenet C, Buchonnet G, Tosi M, Frebourg T, Bastard C, Tilly H.
Haematologica. 2008 Apr;93(4):543-50.
Genotype phenotype correlation of 30 patients with Smith-Magenis syndrome (SMS) using comparative genome hybridisation array: cleft palate in SMS is associated with larger deletions.
Andrieux J, Villenet C, Quief S, Lignon S, Geffroy S, Roumier C, de Leersnyder H, de Blois MC, Manouvrier S, Delobel B, Benzacken B, Bitoun P, Attie-Bitach T, Thomas S, Lyonnet S, Vekemans M, Kerckaert JP.
J Med Genet. 2007 Aug;44(8):537-40.
HGF/SF regulates expression of apoptotic genes in MCF-10A human mammary epithelial cells.
Leroy C, Deheuninck J, Reveneau S, Foveau B, Ji Z, Villenet C, Quief S, Tulasne D, Kerckaert JP, Fafeur V.
Ann N Y Acad Sci. 2006 Dec;1090:188-202.
A simple method for the routine detection of somatic quantitative genetic alterations in colorectal cancer.
Killian A, Di Fiore F, Le Pessot F, Blanchard F, Lamy A, Raux G, Flaman JM, Paillot B, Michel P, Sabourin JC, Tuech JJ, Michot F, Kerckaert JP, Sesboüé R, Frebourg T.
Gastroenterology. 2007 Feb;132(2):645-53.
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