Plateau de génomique fonctionnelle et structurale – Université de Lille – IRCL

Contact : Martin FIGEAC      + 33 (0)3.20.44.54.54 (p.33452)         martin.figeac@univ-lille.fr

Localisé au Centre de Biologie Pathologie Génétique (CHU de Lille), le plateau de génomique fonctionnelle et structurale est une structure dédiée à l’analyse génomique.

C’est un service commun de l’Université de Lille ouvert à la communauté scientifique pour des projets à moyen/haut débit.

Les analyses génomiques ont pour but de détecter et de quantifier sur des biopuces ou par séquençage haut débit la présence de nombreuses séquences d’ADN ou d’ARN et leurs variations, à l’échelle d’un génome ou dans une région ciblée. Notre équipe est spécialisée dans le conseil et la mise en place de projets de génomique et l’accompagnement de nos partenaires au cours de l’analyse.

 

Le plateau propose trois types de compétences complémentaires correspondant aux différentes approches génomiques. Nous proposons aux équipes l’accès au séquençage haut débit, dit de nouvelle génération, offrant une approche génomique du séquençage (ion-torrent, illumina, oxford nanopore). Nous sommes également experts dans les technologies de micro-arrays (Agilent) et de comptage de molécules (Nanostring). Finalement, nous proposons notre expertise transversale, en bioinformatique et biostatistique, afin d’analyser les données générées.

 

Target-seq (reseq), RNA-seq, sRNAseq (miRNAseq), ChIPseq
DNaseseq, RIP-seq, CGH-array et transcriptomique

Mutation, insertion/délétion,

genotypage, variations du nombre de copies,

disomie uniparentale,  translocation, maladie résiduelle,

expression différentielle, épissage différentiel, régulation des gènes

 

Publications sélectionnées :

  • Avec les équipes de l’IRCL

1) Duployez N, Marceau-Renaut A, Boissel N, Petit A, Bucci M, Geffroy S, Lapillonne H, Renneville A, Ragu C, Figeac M, Celli-Lebras K, Lacombe C, Micol JB, Abdel-Wahab O, Cornillet P, Ifrah N, Dombret H, Leverger G, Jourdan E, Preudhomme C. Comprehensive mutational profiling of core binding factor acute myeloid leukemia. Blood. 2016 May 19;127(20):2451-9.
2) Salson M, Giraud M, Caillault A, Grardel N, Duployez N, Ferret Y, Duez M, Herbert R, Rocher T, Sebda S, Quief S, Villenet C, Figeac M, Preudhomme C. High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones. Leuk Res. 2017 Feb;53:1-7. doi: 10.1016/j.leukres.2016.11.009. Epub 2016 Nov 21.
3) Desoutter J, Gay J, Berthon C, Ades L, Gruson B, Geffroy S, Plantier I, Marceau A, Helevaut N, Fernandes J, Bemba M, Stalnikiewicz L, Frimat C, Labreuche J, Nibourel O, Roumier C, Figeac M, Fenaux P, Quesnel B, Renneville A, Duhamel A, Preudhomme C. Molecular prognostic factors in acute myeloid leukemia receiving first-line therapy with azacitidine. 2016 Jun;30(6):1416-8.
4) Poulain S, Roumier C, Venet-Caillault A, Figeac M, Herbaux C, Marot G, Doye E, Bertrand E, Geffroy S, Lepretre F, Nibourel O, Decambron A, Boyle EM, Renneville A, Tricot S, Daudignon A, Quesnel B, Duthilleul P, Preudhomme C, Leleu X. Genomic Landscape of CXCR4 Mutations in Waldenström Macroglobulinemia.Clin Cancer Res. 2016 Mar 15;22(6):1480-8.
5) Micol JB, Duployez N, Boissel N, Petit A, Geffroy S, Nibourel O, Lacombe C, Lapillonne H, Etancelin P, Figeac M, Renneville A, Castaigne S, Leverger G, Ifrah N, Dombret H, Preudhomme C, Abdel-Wahab O, Jourdan E. Frequent ASXL2 mutations in acute myeloid leukemia patients with t(8;21)/RUNX1-RUNX1T1 chromosomal translocations. 2014 Aug 28;124(9):1445-9
  • Méthodologie, développement d’outils :

1) Mareschal S, Ruminy P, Alcantara M, Villenet C, Figeac M, Dubois S, Bertrand P, Bouzelfen A, Viailly PJ, Penther D, Tilly H, Bastard C, Jardin F. Application of the cghRA framework to the genomic characterization of Diffuse Large B-Cell Lymphoma. 2017 Oct 1;33(19):2977-2985.
2) Ferret Y, Caillault A, Sebda S, Duez M, Grardel N, Duployez N, Villenet C, Figeac M, Preudhomme C, Salson M, Giraud M. Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis. Br J Haematol. 2016 May;173(3):413-20.
3) Giraud M, Salson M, Duez M, Villenet C, Quief S, Caillault A, Grardel N, Roumier C, Preudhomme C, Figeac M. Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing. BMC Genomics. 2014 May 28;15:409. doi: 10.1186/1471-2164-15-409.
4) Grimonprez Q, Celisse A, Blanck S, Cheok M, Figeac M, Marot G. MPAgenomics: an R package for multi-patient analysis of genomic markers. BMC Bioinformatics. 2014 Dec 14;15:394.
  • Collaborations extérieures :

1) Petrella T, Copie-Bergman C, Brière J, Delarue R, Jardin F, Ruminy P, Thieblemont C, Figeac M, Canioni D, Feugier P, Fabiani B, Leroy K, Parrens M, André M, Haioun C, Salles GA, Gaulard P, Tilly H, Jais JP, Molina TJ. BCL2 expression but not MYC and BCL2 coexpression predicts survival in elderly patients with diffuse large B-cell lymphoma independently of cell of origin in the phase 3 LNH03-6B trial. Ann Oncol. 2017 May 1;28(5):1042-1049.
2) Dubois S, Viailly PJ, Bohers E, Bertrand P, Ruminy P, Marchand V, Maingonnat C, Mareschal S, Picquenot JM, Penther D, Jais JP, Tesson B, Peyrouze P, Figeac M, Desmots F, Fest T, Haioun C, Lamy T, Copie-Bergman C, Fabiani B, Delarue R, Peyrade F, André M, Ketterer N, Leroy K, Salles G, Molina TJ, Tilly H, Jardin F. Biological and Clinical Relevance of Associated Genomic Alterations in MYD88 L265P and non-L265P-Mutated Diffuse Large B-Cell Lymphoma: Analysis of 361 Cases. Clin Cancer Res. 2017 May 1;23(9):2232-2244
3) Leblay N, Leprêtre F, Le Stang N, Gautier-Stein A, Villeneuve L, Isaac S, Maillet D, Galateau-Sallé F, Villenet C, Sebda S, Goracci A, Byrnes G, McKay JD, Figeac M, Glehen O, Gilly FN, Foll M, Fernandez-Cuesta L, Brevet M. BAP1 Is Altered by Copy Number Loss, Mutation, and/or Loss of Protein Expression in More Than 70% of Malignant Peritoneal Mesotheliomas. J Thorac Oncol. 2017 Apr;12(4):724-733.
4) Chirac P, Maillet D, Leprêtre F, Isaac S, Glehen O, Figeac M, Villeneuve L, Péron J, Gibson F, Galateau-Sallé F, Gilly FN, Brevet M. Genomic copy number alterations in 33 malignant peritoneal mesothelioma analyzed by comparative genomic hybridization array.Hum Pathol. 2016 Sep;55:72-82.
5) Vallois D, Dobay MP, Morin RD, Lemonnier F, Missiaglia E, Juilland M, Iwaszkiewicz J, Fataccioli V, Bisig B, Roberti A, Grewal J, Bruneau J, Fabiani B, Martin A, Bonnet C, Michielin O, Jais JP, Figeac M, Bernard OA, Delorenzi M, Haioun C, Tournilhac O, Thome M, Gascoyne RD, Gaulard P, de Leval L. Activating mutations in genes related to TCR signaling in angioimmunoblastic and other follicular helper T-cell-derived lymphomas. Blood. 2016 Sep 15;128(11):1490-502.
6)Dubois S, Viailly PJ, Mareschal S, Bohers E, Bertrand P, Ruminy P, Maingonnat C, Jais JP, Peyrouze P, Figeac M, Molina TJ, Desmots F, Fest T, Haioun C, Lamy T, Copie-Bergman C, Brière J, Petrella T, Canioni D, Fabiani B, Coiffier B, Delarue R, Peyrade F, Bosly A, André M, Ketterer N, Salles G, Tilly H, Leroy K, Jardin F. Next-Generation Sequencing in Diffuse Large B-Cell Lymphoma Highlights Molecular Divergence and Therapeutic Opportunities: a LYSA Study.Clin Cancer Res. 2016 Jun 15;22(12):2919-28.

 

Partenariats :

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