Plate-Forme de Génomique :

Responsable :
Martin Figeac : Contacter Martin FIGEAC par Mail

Personnel :

Meyling Cheok, Christophe Roumier, Olivier Nibourel, Céline Villenet, Shéhérazade Sebda, Sandrine Geffroy, Pauline Peyrouze, Julien Soula, Chadi Saad, Sihem Hamine et Frédéric Leprêtre.

IRCL-Plate-forme-de-génomique

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Présentation de la plate-forme de génomique :

 

Plate-Forme de génomique - IRCL

Localisée à l’IRCL, la plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale est une structure dédiée à l’analyse génomique. C’est un service commun de l’université Lille 2, IMPRT IFR-114, ouvert à la communauté scientifique publique (Universités, CHRU, INSERM, CNRS) ou privée, pour des projets à moyen/haut débit. Notre plate-forme est d’autre part labellisée IBiSA (Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie) au travers du réseau LIGAN (Lille Integrated Genomics Advanced Network), et travaille en étroite collaboration avec les équipes de recherche du Cancéropôle Nord-Ouest.
Ce service commun se compose de quatre plateaux complémentaires correspondant aux différentes approches génomiques. Les analyses génomiques ont pour but de détecter et de quantifier sur des biopuces ou par séquençage haut débit la présence de nombreuses séquences d’ADN ou d’ARN et leurs variations, à l’échelle d’un génome ou dans une région ciblée. Le premier plateau technologique utilise le séquençage haut débit d’Applied Biosystems (SOLiD4) et de LifeTechnologies (PGM Ion-Torrent et Ion-Proton), dit de nouvelle génération, pour proposer une approche génomique de séquençage avec une couverture et une précision inégalée. Les deux plateaux suivant correspondent aux technologies de micro-arrays les plus utilisées dans le monde : les technologies Agilent et Affymetrix. Finalement, le quatrième plateau, transversal, permet l’analyse biostatistique et bioinformatique des données générées.
Les projets suivis par la plate-forme concernent en majorité les pathologies humaines: tous types de cancer (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic, pronostic et réponse aux traitements des leucémies et tumeurs solides) et les pathologies constitutionnelles (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic et prédisposition pour le retard mental, l’autisme, Parkinson, anomalies des membres, alzheimer…).

Dernière publication :

Oncotarget. 2015 Sep 8;6(26):22812-21.

Next-generation sequencing of FLT3 internal tandem duplications for minimal residual disease monitoring in acute myeloid leukemia.

Bibault JE1,2, Figeac M3,2, Hélevaut N1, Rodriguez C1, Quief S3,4, Sebda S3,4, Renneville A1,2,5, Nibourel O1,2,5, Rousselot P6, Gruson B7, Dombret H8, Castaigne S6, Preudhomme C1,2.
1 Laboratory of Hematology, CHRU de Lille, France

2 Functional and Structural Genomic Platform, Lille, France

3 University of Lille Nord de France, Lille, France

4 Institut Pour la Recherche sur le Cancer de Lille, Lille, France

5 Inserm, UMR-S1172, Lille, France

6 Department of Hematology, Hôpital de Versailles, Le Chesnay, Université de Versailles-Saint Quentin, Versailles, France

7 Department of Hematology, CHU d’Amiens, Amiens, France

8 Department of Hematology, Hôpital Saint Louis, AP-HP, Paris, France

* These authors have contributed equally to this work

Correspondence to:

Contact : Claude Preudhomme

Keywords: acute myeloid leukemia, FLT3 internal tandem duplication, minimal residual disease, next-generation sequencing

Received: November 08, 2014 Accepted: May 25, 2015 Published: June 02, 2015